La saucisse de Morteau appartient à la vaste catégorie des produits fumés qui ont fait la réputation des Séquanes à l'époque gauloise. Au début du XXe siècle, on en trouvait une variété impressionnante : gros atriaux, petits seucetots, andouilles au cumin, queillots, cazis ou gros ou bons jésus, saucisses de foie ou au mou de cochon.

La ville de Morteau se trouve précisément au centre de l'aire traditionnelle du «tué» (ou tuyé), qui s'étendait au XVIIIe siècle, dans le Haut-Doubs, de Frambouhans à Arcon et du Cerneux-Pequignot à Orchamps-Vennes. Dans cette immense cheminée de bois, on conservait les réserves de viande, qui étaient ainsi fumées. Parmi ces réserves figuraient le jambon et bien évidemment les saucisses. En 1907, l'auteur des Menus propos sur la cuisine comtoise prétend déjà fabriquer les saucisses «comme on les conduisait et comme on les obtenait il y a soixante ans à Morteau», c'est-à-dire vers 1850.

Au début du XXe siècle, des artisans charcutiers installés à Morteau commencèrent à expédier des saucisses en dehors de la région. Le succès fut tel qu'il suscita de nombreuses imitations si bien qu'en 1977 un label régional fut créé afin de protéger la véritable saucisse de Morteau.