Le département du Doubs, arrosé par plus de 2 000 sources, appartient tout entier au bassin du Rhône ; ses principales rivières sont le Doubs et l'Ognon, tous les deux affluents directs de la Saône, et la Loue, affluent du Doubs, qu'elle rejoint en dehors du département.

Le Doubs
C'est la rivière la plus importante du département à qui elle a donné son nom. Né dans le massif du Jura, le Doubs traverse les lacs de Saint-Point et des Brenets ou de Chaillexon (d'où il sort par le saut du Doubs) et pousse une pointe en Suisse avant d'arroser Besançon...

La Loue
La Loue qui prend sa source dans le canton de Montbenoît, débute par une chute de 10 mètres, s'en va par une série de cascades jusqu'à la Combe-de-Nouailles, entre dans l'arrondissement de Besançon, s'arrondit vers le Nord en baignant Mouthier, Lods, Vuillafans, Montgesoye, Ornans, Maizères, Cléron, Châtillon, Chenecey, Quingey, Lavans, Mesmay, et entre dans le Jura où elle se jette dans le Doubs après un cours de 140 kilomètres ; ses principaux affluents sont le ruisseau de Bouneille et le Lison.

L'Ognon
L'Ognon naît sur les frontières de la Haute-Saône, des Vosges et du Haut-Rhin et vient former la frontière du département du Doubs depuis Tressandans, dans l'arrondissement de Baume-les-Dames, jusqu'à Jallerange, dans celui de Besançon, sans avoir reçu de cours d'eau importants.

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